基质效应一直是困扰MS方法定量的一大障碍，主要是指离子化过程中基质成分对目标分析物的干扰，包括离子增强和离子减弱。使用内标法定量可以有效减少基质效应的影响。理想的内标既要和待测样品相同（具有相同的响应系数）又要不同（仪器可以区分二者的信号）。
稳定同位素标记的化合物和该化合物本身相比，具有近似相同的物理化学性质，离子化时响应通常相同，但是他们具有不同的质荷比m/z，质谱可以区分出来。
因此选择稳定同位素标记的标准品作为内标，已经是MS分析定量的“黄金标准”。尤其像使用LCMSMS仪器分析检测生物样品中药物浓度时，为更好的解决基质效应，经常需要使用药物标准品和其稳定同位素标准品这对“黄金搭档”。
同位素标记的标准品目前越来越多的被用到质谱分析方法中，其中又以元素氘（2H或D）标记的标准品最多，主要因为氘原料相对其他稳定同位素价格便宜和更容易获得。但是同其他稳定同位素13C，15N相比，氘代同位素标准品更容易出现氘氢交货的现象，因而在质谱分析时经常出现原型干扰，影响最终的定量分析。有机化合物中C原子数目相对较多，13C标记的化合物逐渐成为稳定同位素的“黄金标准”。